Với cơ chế tự chủ cao của ĐHQGHN, Nhà trường triển khai thực hiện hai dự án đầu tư chiều sâu: “Dự án đầu tư tăng cường năng lực nghiên cứu triển khai các vật liệu và linh kiện theo công nghệ micrô và nanô” với tổng kinh phí 48,15 tỷ đồng và “Dự án đầu tư tăng cường năng lực trang thiết bị nghiên cứu phát triển các hệ thống tích hợp thông minh” với tổng số vốn 21,9 tỷ đồng xây dựng hai phòng thí nghiệm (PTN) mục tiêu hiện đại có khả năng triển khai một số nghiên cứu ở trình độ cao theo đúng định hướng phát triển.

 Nhà trường cũng chỉ đạo xây dựng và trển khai thực hiện các dự án tăng cường năng lực nghiên cứu theo hướng tập trung, hỗ trợ khai thác tốt các trang thiết bị đã có. Trên cơ sở những kết quả thực hiện các dự án này, nhà trường đã đề xuất dự án xây dựng và triển khai hệ thống liên hoàn các PTN nghiên cứu phát triển các vật liệu, linh kiện và hệ thống tích hợp công nghệ cao. Năng lực cơ sở hạ tầng kỹ thuật và trang thiết bị phục vụ nghiên cứu của nhà trường thực tế đã được xác lập và bước đầu đáp ứng được yêu cầu của những nghiên cứu trình độ cao.
Đội ngũ giảng viên của Trường ĐHCN kết hợp được kinh nghiệm của các nhà khoa học đầu đàn với thế phát triển mạnh của lực lượng đông đảo của các TS trẻ mà đại đa số tốt nghiệp từ các cơ sở đào tạo tiên tiến trên thế giới. Lực lượng cán bộ khoa học này đã được tổ chức và có hoạt động tốt tại các bộ môn và đặc biệt trong hai PTN mục tiêu (PTN Công nghệ Micrô-Nanô, PTN Các Hệ Tích hợp Thông minh – SIS) và PTN cấp khoa “Tương tác Người – Máy”, phù hợp với hệ thống trang thiết bị được đầu tư và các mục tiêu xây dựng trường đại học nghiên cứu đã đặt ra.

Trong ba năm 2006-2008, tập thể cán bộ khoa học của trường đã đăng ký và được chủ trì thực hiện một số lượng lớn các đề tài KHCN, với 03 đề tài trọng điểm trong số 11 đề tài nghiên cứu cơ bản (NCCB), 03 đề tài trọng điểm, 08 đề tài đặc biệt và gần 80 đề tài cấp bộ của ĐHQGHN với tống số kinh phí thực hiện là 11,181 tỷ đồng. Bên cạnh đó, cán bộ khoa học của trường còn đề xuất, đăng ký và được giao thực hiện 05 đề tài của các địa phương và bộ, ngành khác (Hà Nội: 4, Bộ Quốc phòng: 1). Các hoạt động nghiên cứu đã thu hút mạnh mẽ sự tham gia của SV, HV đồng thời là điều kiện căn bản để thu hút vào đào tạo hiện nay trên 50 NCS tại trường. Đặc biệt, trong năm 2008 các tập thể cán bộ khoa học của trường đã được phê duyệt, giao nhiệm vụ thực hiện 03 đề tài cấp Nhà nước, trong các chương trình KC-01, KC.06 (02 đề tài thực hiện trong hai năm 2008-2010 và 01 đề tài thực hiện trong hai năm 2009-2011) với tổng kinh phí thực hiện trên 8 tỷ đồng). Nhà trường còn đi đầu trong việc phối hợp với ĐHQG TPHCM xây dựng và triển khai nghiên cứu thực hiện một số đề tài KHCN mũi nhọn hướng tới sản phẩm KHCN có tầm giá trị và có ảnh hưởng KHCN cao (đề tài trọng điểm về Công nghệ Nanô – CNNN, đề tài trọng điểm phối hợp về thiết kế chip chức năng tích hợp). Ngoài ra, một số nhóm cán bộ KHCN của trường còn nhận được một số dự án, đề tài nghiên cứu từ một số công ty, tập đoàn công nghiệp nước ngoài (Tập đoàn Mitani, Công ty Panasonic Việt Nam, Tập đoàn Toshiba, v.v…).
Hai trung tâm nghiên cứu phát triển của trường là Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ Phần mềm (NC&PT CNPM) và Trung tâm Nghiên cứu Điện tử – Viễn thông (NC ĐT-VT) đã hoạt động khá hiệu quả. Trung tâm NC&PT CNPM đã phát triển, cung cấp nhiều dịch vụ, giải pháp CNTT. Sau khi có “Sản phẩm có Tiềm năng Ứng dụng” đoạt Giải Nhất tại Cuộc thi Nhân tài Đất Việt năm 2006, hoạt động dịch vụ CNTT của trung tâm này đã đạt doanh số 3 tỷ đồng năm 2007 và gần 1,7 tỷ đồng năm 2008. Sau khi được kiện toàn và tổ chức lại năm 2005-2006, Trung tâm NC ĐT-VT, trong ba năm 2006, 2007 và 2008 đã đạt doanh thu trên 1,5 tỷ đồng. Trung tâm NC ĐT-VT đã triển khai có hiệu quả nhiều dự án nghiên cứu, đang được giao thực hiện nhiều đề tài, trong đó có 01 đề tài cấp Nhà nước trong Chương trình KC.01, nghiên cứu các công nghệ hiện đại và có triển vọng, đặc biệt là trong lĩnh vực thiết kế, chế tạo các linh kiện và thiết bị thu phát siêu cao tần trong khoảng từ 2 đến 25 GHz với công suất cao từ 100 đến 3000 W. Trung tâm Máy tính là một đơn vị phục vụ đảm bảo các dịch vụ CNTT và e-learning trong trường đã có nhiều đóng góp, được đánh giá cao trong việc triển khai thực hiện và khai thác các dịch vụ, tiện ích của Hệ thống Mạng TEIN2, VinaREN cũng như một số hoạt động trực tuyến của trường (giảng dạy qua mạng), ĐHQGHN và Bộ KH&CN.
Về quản lý các hoạt động KHCN, nhà trường đã thực hiện một loạt giải pháp thúc đẩy, khuyến khích các hoạt động KHCN chất lượng và trình độ cao: có chính sách tạo kinh phí hỗ trợ các công trình KHCN được công bố trên các tạp chí và tại các hội nghị hội thảo KHCN quốc tế; thành lập và triển khai việc xét chọn và trao giải thưởng KHCN của trường hằng năm; hỗ trợ kinh phí và tổ chức các nhóm nghiên cứu tham gia đề xuất, xây dựng và đăng ký các dự án, đề tài, nhiệm vụ KHCN các cấp. Trường cũng đã ban hành hướng dẫn cán bộ khoa học đề xuất các đề án xây dựng, phát triển các nhóm nghiên cứu mạnh nhằm mục tiêu tăng cường tính tập trung, có trọng điểm trong việc triển khai các hoạt động nghiên cứu, tập trung khai thác được tất cả mọi nguồn lực một cách hợp lý, đào tạo tốt đội ngũ cán bộ khoa học. Trường ĐHCN cũng đã rất tích cực tổ chức và tham gia tổ chức có hiệu quả cao các hội nghị, hội thảo KHCN quốc tế.
Số công trình được công bố quốc tế tăng liên tục và đáng kể theo các năm, trong đó nhiều công trình có chỉ số ảnh hưởng đáng chú ý. Ba năm liên tục, Trường ĐHCN có nhóm nghiên cứu có sản phẩm tham gia các cuộc thi toàn quốc về CNTT và TT như: Cuộc thi Nhân tài Đất Việt, Cuộc thi Trí tuệ Việt Nam và đạt các loại giải thưởng tại các cuộc thi này. Các cán bộ KHCN của trường trong ba năm vừa qua cũng đã đạt một số giải thưởng KHCN các cấp khác như sau: Giải thưởng ĐHQGHN về KHCN lần thứ nhất, Giải thưởng Quả Cầu vàng CNTT, Giải thưởng Công trình và Nhà khoa học trẻ tiêu biểu của ĐHQGHN, Giải thưởng Scopus Award của Nhà Xuất bản Elsevier Science (Hà Lan) tặng các nhà khoa học có chỉ số H-index (Hirsch-index) cao…